IBB UAB

Antonio Barbadilla Prados

Personal information

Email: antonio.barbadilla@uab.es

Unit: Genomics in Evolution and Disease

Group: Bioinformatics of Genomics Diversity

Category: Professor Titular

Lab phone: 935868941

Academic information and publications

Research:

El grup de recerca de la Bioinformàtica de la diversitat genètica treballa en la representació, anàlisis i interpretació de la variació nucleotídica i la seva relació amb variants genòmiques, fenotípiques i ambientals. Una nova dimensió a l'estudi de la variación genètica ve donada per la abundància de genomes complets que cada cop més es dexifren. Participen en un projecte internacional de genòmica poblacional on s'han seqüenciat 192 genomes d'una població natural de Drosophila melanogaster. No existeix una descripció detallada a escala física de la variació en el polimorfisme i la divergència en Drosophila, ni tampoc com aquesta variació es relaciona a les taxes de mutació, recombinació, densitat gènica, selecció natural i altres factors. Aquest estudi és el més complet de genòmica poblacional dur d'una espècie animal, i servirà de model per als estuids genòmics d'altres espècies, inclosa la humana.

 


Publications

 

 

  • Petit, N. and A. Barbadilla (2009). The efficiency of purifying selection in Mammals vs Drosophila metabolic genes. J. Evol. Biology 22: 2118-2124.

  • Petit, N. and A. Barbadilla (2009). Selection efficiency and effective population size in Drosophila species. J. Evol. Biology 22: 515-526. 

  • Egea, R., S. Casillas and A. Barbadilla (2008). Standard & Generalized McDonald and Kreitman test: a website to detect selection by comparing different classes of DNA sites. Nucleic Acids Res. 2008 July 1; 36 (Web Server issue): W157–W162.

  • Casillas, S., R. Egea, N. Petit, C. Bergman and A. Barbadilla (2007). Drosophila Polymorhism Database (DPDB): a portal for nucleotide polymorphism in Drosophila. Fly 1 (4): 205-211.

  • Casillas, S., A. Barbadilla and C. Bergman (2007). Purifying selection maintains highly conserved noncoding sequences in Drosophila. Mol Biol Evol doi:10.1093/molbev/msm150.
     

  • Petit, N., S Casillas, A. Ruiz and A. Barbadilla  (2007). Protein polymorphism is negatively correlated with conservation of intronic sequences and complexity of expression patterns in Drosophila melanogaster.  Journal of Molecular Evolution 64: 511-518. 
     

  • Casillas, S, B Negre, A Barbadilla and A Ruiz (2006). Fast sequence evolution of Hox and Hox-derived genes in the genus Drosophila. BMC Evolutionary Biology 2006, 6:106.
     

  • Egea, R, S. Casillas, E. Fernández, MA Senar & A. Barbadilla (2006). MamPol: a database of nucleotide polymorphism in the Mammalia class. Nucleic Acids Res. 2007 January; 35(Database issue): D624–D629 
     

  • Casillas, S & A. Barbadilla (2006). PDA v.2: improving the exploration and estimation of nucleotide polymorphism in large data sets of heterogeneous DNA. Nucl. Acids Res. 2006 34: W632-W634.
     

  • Casillas, S, N. Petit & A. Barbadilla (2005). DPDB: a database for the storage, representation and analysis of polymorphism in the Drosophila genus. Bioinformatics 2005 21: ii26-ii30; doi:10.1093/bioinformatics/bti1103
     

  • Bárbara Negre, Sònia Casillas, Magali Suzanne, Ernesto Sánchez-Herrero, Michael Akam, Michael Nefedov, Antonio Barbadilla, Pieter de Jong and Alfredo Ruiz (2005). Conservation of regulatory sequences and gene expression patterns in the disintegrating Drosophila Hox gene complex. Genome Research 15: 692-700, 2005
     

  • Casillas, S & A. Barbadilla (2004). PDA: a pipeline to explore and estimate polymorphism in large DNA databases. Nucleic Acid Research, Web Server issue 32: W166-W169.
     

  • Navarro, A. Barbadilla & A. Ruiz. (2000). Effect of inversion polymorphism on the neutral nucleotide variability of linked chromosomal regions. Genetics 155: 685-698.
     

  • Cáceres, M., J.M. Ranz, A. Barbadilla, M. Long & A. Ruiz. (1999). Generation of a widespread Drosophila inversion by a transposable element, Science 285: 415-418.
     

  • Cáceres, M., A. Barbadilla & A. Ruiz. (1999). Recombination rate predicts inversion size in Diptera», Genetics 153: 251-259