Bioinformàtica de la Diversitat Genòmica

The Bioinformatics of Genome Diversity group is aimed to explain the nature of genome variation and its relationship with phenotypic variation and fitness. A new dimension of genetic variation studies is provided by the complete genomes that are increasingly being deciphered (e.g. 1000 Genomes Project), as well as new high-throughput data coming from other omics layers, such as transcriptomic and epigenomic data from the ENCyclopedia Of Dna Elements (ENCODE/modENCODE) or the International Human Epigenome Consortium (IHEC). We follow an interdisciplinary approach, merging methods and knowhow from genomics, population genetics, data science, systems biology and bioinformatics, to address, both in Drosophila and humans, the following objectives:

Research lines:

(1) Mapping selection onto (a) embryo development in Drosophila and (B) human brain. Integrate information from population genomics data with recent knowledge on developmental genetics (Drosophila), single cell genomics and brain transcriptomics (humans) to get evidence of the evolution of embryonic development and human brain evolution at the microevolutionary level and test the selective importance of hierarchy in gene networks, pleiotropic interactions or preferential evolution of regulatory vs coding sequences.

(2) Define parameters that measure the adaptive potential of a genome. Recent evidence based on the patterns of genome diversity shows that many loci and genome regions are affected by recurrent linked selection (genetic draft). We aim to develop a new general statistical approach to estimate the fraction of adaptive substitutions of any genome region regardless of whether or not they are undergoing recurrent linked selective events.

(3) PopFly and PopHuman, the reference population genomics browsers of Drosophila and humans. Update our browsers with new genomic data that has been generated after the publication of the PopFly and PopHuman genome browsers and complement them with data from other species to become the reference population genomics browsers for eucaryotes.

Head of the Group:

Barbadilla Prados, Antonio

Members:

Investigador predoctoral en formació (PhD): Ortega Ortega, Diana Carolina
Professor Agregat: Casillas Viladerrams, Sònia
Tècnic de Suport a la Recerca: Santos Ñanculef, Andrés

Selected publications

• Rodriguez-Galindo, M., Casillas, S., Weghorn, D. and Barbadilla, A. 2020. Germline de novo mutation rates on exons versus introns in humans. Nat Commun 11, 3304 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17162-z
•  
• Casillas*, S., R. Mulet*, P. Villegas-Mirón, S. Hervás, E. Sanz, D. Velasco, J. Bertranpetit, H. Laayouni & A. Barbadilla. 2018. PopHuman: the human population genomics browser. Nucl. Acids Res. gkx943, https://doi.org/10.1093/nar/gkx943  
•  
• Salvador*, I., M. Coronado*, D. Castellano, A. Barbadilla & I. Salazar. 2018. Mapping selection within Drosophila melanogaster embryo’s anatomy. Molecular Biology and Evolution https://doi.org/10.1093/molbev/msx266.
•  
• Casillas, S. and A. Barbadilla. 2017. Molecular Population Genetics. Genetics 205: 1003–1035. https://doi.org/10.1534/genetics.116.196493
• Huang, W. et al. 2014. Natural Variation in Genome Architecture. Among 205 Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel Lines. Genome Research 2014. 24:1193-120.
•  
• T.F.C. Mackay*, S. Richards*, E.A. Stone*, A. Barbadilla*, ..., S. Casillas, M. Barrón, D. Castellano, P. Librado, M. Ràmia, J. Rozas et al. 2012. The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel: A Community Resource for Analysis of Population Genomics and Quantitative Traits. Nature 482: 173-178. * Equal contribution. 
•  
• Egea, R., S. Casillas and A. Barbadilla (2008). Standard & Generalized McDonald and Kreitman test: a website to detect selection by comparing different classes of DNA sites. Nucleic Acids Res. 2008 July 1; 36 (Web Server issue): W157–W162.
•  
• Cáceres, M., J.M. Ranz, A. Barbadilla, M. Long & A. Ruiz. (1999). Generation of a widespread Drosophila inversion by a transposable element, Science 285: 415-418.

All publications

Artículos en revistas de investigación acreditadas (JCR- Factor de impacto) / Articles in International Science Journals (JCR)

• Kapun, M. et al. 2021. Drosophila Evolution over Space and Time (DEST) - A New Population Genomics Resource. bioRxiv 2021.02.01.428994;  doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.01.428994 

• Rodriguez-Galindo, M., Casillas, S., Weghorn, D. and Barbadilla, A. 2020. Germline de novo mutation rates on exons versus introns in humans. Nat Commun 11, 3304 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17162-z

• Murga-Moreno, J.; Coronado-Zamora, M.; Hervás, S.; Casillas, S & A. Barbadilla 2019. iMKT: the integrative McDonald and Kreitman test. Nucleic Acids Research https://doi.org/10.1093/nar/gkz372

• Coronado*, M, I. Salvador*, D. Castellano, A. Barbadilla & I. Salazar. 2019. Adaptation and conservation throughout the Drosophila melanogaster life-cycle. Genome, Biology and Evolution evz086, https://doi.org/10.1093/gbe/evz086.

• Murga-Moreno, J.; Coronado-Zamora, M.; Bodelón, A.; Barbadilla, A. and Casillas, S  2019. PopHumanScan: the online catalog of human genome adaptation. Nucleic Acids Research, gky959, https://doi.org/10.1093/nar/gky959 

• Casillas*, S., R. Mulet*, P. Villegas-Mirón, S. Hervás, E. Sanz, D. Velasco, J. Bertranpetit, H. Laayouni & A. Barbadilla. 2018. PopHuman: the human population genomics browser. Nucl. Acids Res. gkx943, https://doi.org/10.1093/nar/gkx943    *Equal contribution.  

• Salvador*, I., M. Coronado*, D. Castellano, A. Barbadilla & I. Salazar. 2018. Mapping selection within Drosophila melanogaster embryo’s anatomy. Molecular Biology and Evolution https://doi.org/10.1093/molbev/msx266.
  * Equal contribution. 

• S. Hervas, E. Sanz, S. Casillas, J. Pool and A. Barbadilla. 2017. PopFly: the Drosophila population genomics browser. Bioinformatics https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx301

• Casillas, S. and A. Barbadilla. 2017. Molecular Population Genetics. Genetics 205: 1003–1035. https://doi.org/10.1534/genetics.116.196493

• Pavlidou, P.; A. Daponte, R. Egea, E. Dardiotis, G.M. Hadjigeorgiou, A. Barbadilla & T. Agorastos. 2016. Genetic polymorphisms of FAS and EVER genes in a Greek population and their susceptibility to cervical cancer: a case control study. BMC Cancer 2016 16:923.

• Castellano, D., M. Coronado-Zamora, JL. Campos, A. Barbadilla, A. Eyre-Walker. 2016. Adaptive evolution is substantially impeded by Hill-Robertson interference in Drosophila. Mol Biol Evol (2016) 33 (2): 442-455.

• Guillén, Y. et al. 2015. Genomics of ecological adaptation in cactophilic Drosophila. Genome Biol Evol (2015) 7 (1):349-366.doi: 10.1093/gbe/evu291.

• Huang, W. et al. 2014. Natural Variation in Genome Architecture. Among 205 Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel Lines. Genome Research 2014. 24:1193-120.

• A. Martínez-Fundichely, S. Casillas, R. Egea, M. Ràmia, A. Barbadilla, L. Pantano, M. Puig & M. Cáceres. 2014. InvFEST, a database integrating information of polymorphic inversions in the human genome. Nucl. Acids Res.42 (D1): D1027-D1032.doi: 10.1093/nar/gkt1122.

• Gutiérrez F,M Gárriz,JM. Peri, L Ferraz,D Sol, JB Navarro, A Barbadilla, M Valdés. 2013. Fitness costs and benefits of personality disorder traits. Evolution and Human BehaviorFitness costs and benefits of personality disorder traits. Evolution and Human Behavior. Volume 34, Issue 1, January 2013, Pages 41–48.

• T.F.C. Mackay*, S. Richards*, E.A. Stone*, A. Barbadilla*, ..., S. Casillas, M. Barrón, D. Castellano, P. Librado, M. Ràmia, J. Rozas et al. 2012. The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel: A Community Resource for Analysis of Population Genomics and Quantitative Traits. Nature 482: 173-178.
  * Equal contribution. 

• Ràmia M, Librado P, Casillas S, Rozas, J & Barbadilla A. 2012. PopDrowser: The Population Drosophila Browser. Bioinformatics Feb 15;28(4):595-6.  

• Miquel M, López-Ribera I, Ràmia M, Casillas S, Barbadilla A, Vicient CM. 2011. MASISH: a database for gene expression in maize seeds. Bioinformatics 27(3):435-436

• Petit, N. and A. Barbadilla (2009). The efficiency of purifying selection in Mammals vs Drosophila metabolic genes. J. Evol. Biology 22: 2118-2124.

• Petit, N. and A. Barbadilla (2009). Selection efficiency and effective population size in Drosophila species. J. Evol. Biology 22: 515-526. 

• Egea, R., S. Casillas and A. Barbadilla (2008). Standard & Generalized McDonald and Kreitman test: a website to detect selection by comparing different classes of DNA sites. Nucleic Acids Res. 2008 July 1; 36 (Web Server issue): W157–W162.

• Casillas, S., R. Egea, N. Petit, C. Bergman and A. Barbadilla (2007). Drosophila Polymorhism Database (DPDB): a portal for nucleotide polymorphism in Drosophila. Fly 1 (4): 205-211.

• Casillas, S., A. Barbadilla and C. Bergman (2007). Purifying selection maintains highly conserved noncoding sequences in Drosophila. Mol Biol Evol doi:10.1093/molbev/msm150.
   

• Petit, N., S Casillas, A. Ruiz and A. Barbadilla  (2007). Protein polymorphism is negatively correlated with conservation of intronic sequences and complexity of expression patterns in Drosophila melanogaster. Journal of Molecular Evolution 64: 511-518. 
   

• Egea, R, S. Casillas, E. Fernández, MA Senar & A. Barbadilla (2007). MamPol: a database of nucleotide polymorphism in the Mammalia class. Nucleic Acids Res. 2007 January; 35(Database issue): D624–D629 

• Casillas, S, B Negre, A Barbadilla and A Ruiz (2006). Fast sequence evolution of Hox and Hox-derived genes in the genus Drosophila. BMC Evolutionary Biology 2006, 6:106.  

• Casillas, S & A. Barbadilla (2006). PDA v.2: improving the exploration and estimation of nucleotide polymorphism in large data sets of heterogeneous DNA. Nucl. Acids Res. 2006 34: W632-W634.
   

• Casillas, S, N. Petit & A. Barbadilla (2005). DPDB: a database for the storage, representation and analysis of polymorphism in the Drosophila genus. Bioinformatics 2005 21: ii26-ii30; doi:10.1093/bioinformatics/bti1103
   

• Bárbara Negre, Sònia Casillas, Magali Suzanne, Ernesto Sánchez-Herrero, Michael Akam, Michael Nefedov, Antonio Barbadilla, Pieter de Jong and Alfredo Ruiz (2005). Conservation of regulatory sequences and gene expression patterns in the disintegrating Drosophila Hox gene complex. Genome Research 15: 692-700, 2005
   

• Casillas, S & A. Barbadilla (2004). PDA: a pipeline to explore and estimate polymorphism in large DNA databases. Nucleic Acid Research, Web Server issue 32: W166-W169. 

• Casillas, S., N Petit, R Egea, A Barbadilla. 2004. Storage, Representation and Analysis of Nucleotide Polymorphism. Spanish Bioinformatics Conference, 137-141. 

• Navarro, A. Barbadilla & A. Ruiz. (2000). Effect of inversion polymorphism on the neutral nucleotide variability of linked chromosomal regions. Genetics 155: 685-698.
   

• Cáceres, M., J.M. Ranz, A. Barbadilla, M. Long & A. Ruiz. (1999). Generation of a widespread Drosophila inversion by a transposable element, Science 285: 415-418.
   

• Cáceres, M., A. Barbadilla & A. Ruiz. (1999). Recombination rate predicts inversion size in Diptera», Genetics 153: 251-259.
   

• Cáceres, M., A. Barbadilla & A. Ruiz. (1997). Inversion length and breakpoint distribution in the Drosophila buzzatii species complex: Is inversion length a selected trait?, Evolution 51: 1149-1155.
   

• Betrán, E., J. Rozas, A. Navarro & A. Barbadilla. (1997). The estimation of the number and the distribution of gene conversion tracts from population DNA data», Genetics 146: 89-99.
   

• Navarro, A., E. Betrán, A. Barbadilla & A. Ruiz. (1997). Recombination and gene flux caused by crossing over and gene conversion in inversion heterokaryotypes. Genetics 145: 281-295.

• Ruiz A., J.M., Ranz, M. Caceres,  C. Segarra, A. Navarro & A. Barbadilla. (1997). Chromosomal evolution and comparative gene mapping in the Drosophila repleta species group. Genetics and Mol. Biol. 20: 553-565.

• Barbadilla A, King LM, Lewontin RC. What does electrophoretic variation tell us about protein variation? Mol Biol Evol. 1996 Feb;13(2):427-32  

• Ruiz, A. y A. Barbadilla. (1995). The contribution of quantitative trait loci and neutral marker loci to the genetic variances and covariances among quantitative traits in random mating populations», Genetics 139: 445-455.
   

• Barbadilla, A. Ruiz, M. Santos & A. Fontdevila. (1994). Mating pattern and fitness component analysis associated with inversion polymorphism in a natural population of Drosophila buzzatii, Evolution 48: 767-780.
   

• Naveira, H, & A. Barbadilla. (1992). The theoretical distribution of lengths of intact chromosome segments around a locus held heterozygous with backcrossing in a diploid species, Genetics 130: 205-209.
   

• Barbadilla, A., H. Naveira, A. Ruiz & M. Santos. (1992).  The estimation of genotypic probabilities in an adult population by the analysis of descendants, Genetical Research 59: 131/137. 
   

• Santos, M., A. Ruiz, J. E. Quezada Díaz, A. Barbadilla and A. Fontdevila. 1992. The evolutionary history of Drosophila buzzatii. XX. Positive phenotypic covariance between field adult fitness components and body size. Journal of Evolutionary Biology 5:403-422.
   

• Ruiz, A., M. Santos, A. Barbadilla, J. E. Quezada-Díaz, E. Hasson & A. Fontdevila. (1991). Genetic variance for body size in a natural population of Drosophila buzzatii, Genetics 128: 739-750. 

• Barbadilla, A. 1991. State of art of the problematic of higher taxa. Ameghiniana 28:295-301.

• Barbadilla, A., J. E. Quezada Díaz, A. Ruiz, M. Santos and A. Fontdevila. 1991. The evolutionary history of Drosophila buzzatii. XVII. Double mating and sperm predominance. Genetics Selection Evolution 23:133 140. 
   

• Santos, M., A. Ruiz, A. Barbadilla, J. E. Quezada Díaz, E. Hasson and A. Fontdevila. 1988. The evolutionary history of Drosophila buzzatii. XIV. Larger flies mate more often in nature. Heredity 61:255 262.
   

• Barbadilla, A. & H. Naveira. (1988). «The estimation of parental genotypes by the analysis of a fixed number of their offspring.», Genetics 119: 465-472.

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Artículos en libros / Books articles 

• Berry, A. & A. Barbadilla. (2000). «Gene conversion is a major determinant of genetic diversity at the DNA level», en Evolutionary Genetics from Molecules to Morphology. R. S. Singh y C. B. Krimbras (eds.) Cambridge University Press, NY

• A. Barbadilla (2009). "Darwinismo y Creacionismo". Cent cinquanta anys després de L’origen de les espècies de Darwin, (A. Navarro y C. Segarra eds.). Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 60 (2009) 245-253. Versión castellana aquí

• A. Barbadilla (2008). "La recerca sobre el genoma humà". Enciclopèdia Catalana.

• A. Barbadilla. (2003). "La Comunicación Social de la Ciencia e Internet" en La Ciencia es Cultura, págs. 177-180. Coordinador: Manuel Toharia, Edita: Soc. Gestión Museo de las Ciencias Príncipe Felipe de Valencia.

• A. Barbadilla. (2000). "La selección natural: me replico, luego existo", en Evolución y filogenia de Artrópodos, pág. 605-612. SEA Vol. 26

• A. Barbadilla. (1990). "La estructura de la Teoría de la Selección Natural", en Temas actuales de Biología Evolutiva, en A. Ruiz y M. Santos (Coordinadores), págs. 163-191. Publicaciones UAB, Barcelona.

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Ensayos y artículos de Divulgación / Popular Science 

• Barbadilla, A.; S. Casillas & A. Ruiz. 2019. La teoría neutralista de la evolución molecular, medio siglo después. Investigación y Ciencia. Págs. 52-59. Febrero 2019. 

 

• La Evolución Biológica (English version Biological Evolution)

• La Genética de Poblaciones

• La Selección Natural (La Vanguardia)

• Breve historia de la Genética

• La biodiversidad a la luz de la evolución

• La selección natural: me replico, luego existo

• Axiomatización y teorías científicas

• La comunicación social de la ciencia e Internet

• DNA egoísta: el parásito más sutil

• La senescencia como proceso evolutivo

• La investigación sobre el genoma humano

• Servidor PDA (Pipeline Diversity Analysis) que busca variaciones en el genoma a gran escala

• Darwinismo y Creacionismo

• La eficiencia de la selección natural

• La huella de la selección natural a lo largo del genoma / Map of Genomic Imprinting of Natural Selection

• La variación estructural en el genoma

• La ventaja evolutiva de la recombinación genética en el genoma / Evolutionary advantage of genetic recombination in the genome measured for first time 

• Trazan el primer mapa de la adaptación y la selección natural de la anatomía completa de un embrión / First map of adaptation and natural selection of the complete anatomy of an embryo

• PopHuman: Navegador de referencia de la variación genética humana / PopHuman: a reference navigator of the human genetic variation

• Identifican más de 800 nuevas regiones del genoma que podrían ser relevantes en la evolución humana / Over 800 new genome regions relevant to human evolution identified

 

• Bienvenida a la UAB al grado en bioinformática. A. Barbadilla y H. Laayouni

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Publicaciones en la Web / Internet Publications

• Cursos / Courses

• • Barbadilla, A. 2013-15 Curso de Genética. Grado de Genética. Plataforma Web 2.0 para la docencia universitaria. Dirección: http://genetica.uab.es/

  • Barbadilla, A. 2015. Curso de Inferencia Estadística en R. Dirección: http://bioinformatica.uab.cat/base/base3.asp?sitio=sgbcurso_inf_est&anar=Inicio

  • Barbadilla, 2012-15. Student's Area Master Bioinformatics. Web 2.0 Learning Platform. Dirección: http://mscbioinformatics.uab.cat/bioinformaticsintranet

  • Barbadilla, A. y E. de la Torre. 2012-15 Master Bioinformatics. http://mscbioinformatics.uab.es

  • Barbadilla, A. 2012-2014 Curso de Bioinformática. Grado de Genética. NM. http://genetica.uab.es/genetica_bioinfo

  • Barbadilla, A., Y. Guillén, M. Puig, N. Rius, y A. Ruiz. 2013-15. Genomics module. Master of Advanced Genetics. http://genetica.uab.es/genomics

  • Barbadilla, A., M. Cáceres, E. Querol y A. Ruiz. 2007-12. Máster de Genómica y Proteómica. http://genetica.uab.es/masterGP/

  • Barbadilla, A. 1998-2007 Curso de Genética. Licenciatura de Biologia Dirección: http://bioinformatica.uab.es/genetica/curso/ 

  • Barbadilla, A. & I. Gibert. 1998. Curso de Biocomputación. Dirección: http://bioinformatica.uab.es/biocomputacio/

  • Barbadilla, A. & A. Ruiz. 2000. Genómica: análisis y cartografía de genomas. Dirección: http://bioinformatica.uab.es/doctorat/genomica/

  • Curso de introducción a la Bioinformática. 2004-07 (plataforma Bioinformática UAB y eBiointel) Dirección: http://bioinformatica.uab.es/base/base.asp?sitio=vhebron

 

• Una invitación a la Genética y Genómica (un proyecto multimedia) / An invitation to Genetics and Genomics (a multimedia project). Cristina Santa & Antonio Barbadilla. 2003.

•  Exposición interactiva

  • Una invitación a la Bioinformática, una exposición interactiva on line sobre la bioinformática (Abril 2008) 

• Web temáticas

  • Web dedicada a la Genética de Poblaciones

  • Ensayos sobre evolución

  • Ensayos sobre genética

• GBE Lab meeting: Monthly Journal Session

 

Proyectos financiados / Funded projects 
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Científicos / Scientific 

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  2018-2020: Genómica poblacional de la adaptación. Investigadores: Mauro Santos (IP1) y Antonio Barbadilla (IP2),  Alfredo Ruiz, Antonio Fontdevila, Pilar García-Guerreiro, Francisco Rodríguez-Trelles, Sònia Casillas, Raquel Egea, Marta Coronado, Sergi Hervàs, Jesús Murga.  MINECO CGL2017-89160-P. 2018-2020 (En ejecución). 

• 2018-2020: Genómica, Bioinformática y Biología Evolutiva. Grup recerca consolidat de la Generalitat de Catalunya (2017SGR 1379. Alfredo Ruiz (IP), Mauro Santos, Antonio Barbadilla, Mario Cáceres, Isaac Salazar. 2018-2020 (En ejecución). 

• 2014-2017: La interpretación de la variación genómica desde la secuencia nucleotídica al fenotipo en Drosophila y humanos. Investigadores: Antonio Barbadilla (IP1), Mario Cáceres (IP2), Isaac Salazar, Sònia Casillas, Marta Puig, Raquel Egea, Carla Giner, Marta Coronado, Sergi Hervàs, Isaac Noguera, Ion Lerga.  MINECO BFU2013-42649-P. 2014-2017 (Finalizado)

• 2014-2016: Genómica, Bioinformática y Biología Evolutiva. Grup recerca consolidat de la Generalitat de Catalunya (2014 SGR 1346). Alfredo Ruiz (IP), Mauro Santos, Antonio Barbadilla, Mario Cáceres, Isaac Salazar. 2014-2016.

• 2010-2013: Análisis genómico del polimorfismo y la divergencia en Drosophila melanogaster.  Investigadores: Antonio Barbadilla (IP), Sònia Casillas, Esther Betrán, David Castellano, Miquel Ràmia, Maite Barrón.  MICINN BFU2009-09504/BMC. 2010-2013. (Finalizado)

• 2008-2012: Drosophila Genetic Reference Panel: A Community Resource for the Study of Genotypic and Phenotypic Variation. IPs: Trudy Mackay, Stephen  Richards and Richard Gibbs. http://flybase.org/static_pages/news/whitepapers/Drosophila_Genetic Reference Panel_Whitepaper.pdf

• 2009-2013: Genómica, bioinformática y evolución. Grup recerca consolidat de la Generalitat de Catalunya (2009 SGR 88). Alfredo Ruiz (IP), Antonio Barbadilla, Roger Vila e Isaac Salazar. 2009-2013.

• 2007-2009: Patterns of nucleotide diversity in different functional regions of Drosophila and Chordates. Investigadores: Antonio Barbadilla (IP), Sònia Casillas, Natalia Petit, Raquel Egea, Esther Betrán. MEC BFU2006-08640/BMC. (Finalizado)

• 2005-2008: Association studies assisted by Inference and Semantic Technologies (ASSIST). Project Coordinator: P. Mitkas (CERHT/ITI). Sixth Framework Programme. STRP: Integrated biomedical information for better health. FP6-IST-2004-027510. IP Partner UAB: Antonio Barbadilla (Finalizado)

• 2005: Identificación de genes implicados en la susceptibilidad de padecer fibromialgia y/o síndrome de fatiga crónica. Similitudes y diferencias genéticas. Fundación para la Fibromialgia y el Síndrome de Fatiga Crónica, Fundación Echevarne, ebiointel, Dpt Genètica i Microbiologia UAB, CEGEN, bancoADN. (Finalizado)

• 2003-2005: Genómica comparada y funcional de Drosophila: causas y consecuencias de las reordenaciones cromosómicas naturales. Investigadores: A. Ruiz (IP), A. Barbadilla, Josefa González, Ferran Casal, Bárbara Negre, Marta Puig, Cristina Santa, Sònia Casillas. MCYT - BMC2002-01708. 2003-2005. (Finalizado) 

• 1999-2002: Proyecto: Distribución de las tasas de recombinación local causadas por conversión y entrecruzamiento a lo largo del genoma. Investigadores: A. Barbadilla (IP); A. Navarro y Cristina Santa. DGICYT - PB98-0900-C02-02. 1999-2002. (Finalizado) 

• 1996-1998: Origen y evolución molecular de las inversiones cromosómicas de Drosophila buzzatii. Investigadores: A. Ruiz (IP); A. Barbadilla; E. Betrán; A. Navarro; José María Ranz; Mario Cáceres; Josefa González. DGICYT -PB95-0607. (Finalizado) 

• 1994-1996: Significado adaptativo del polimorfismo cromosómico. Investigadores: A. Ruiz (IP); A. Barbadilla; E. Betrán; A. Navarro. DGICYT - PB93-0844. (Finalizado)

Tecnológicos / Technological

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• 2006-2012: Proyecto Plataforma Bioinformàtica UAB-Institutos Investigación de Hospitales / Bioinformatic Platform UAB-Hospital Research Institutes. A. Barbadilla (IP), S. Casillas, Àlex Sànchez, José Manuel Soria. Vicerectorat Projectes Estratègics UAB, 2006-12. (Finalizado).

• 2004-2005: Proyecto Neotec/La Caixa para la ejecución del proyecto ebioPlatform: / Neotec/La Caixa project for the developing of ebioPlatform. I. Durán, A. Barbadilla, B. Aranda, J. Puiggene, J. Colomer, N. Arroyo. Ministerio de Industria, 2004-05. (Finalizado)

• 2002: Gestión del desarrollo de herramientas bionformáticas / Management for the development of bioinformatic tools. Investigador Principal (IP): A. Barbadilla. Convenio colaboración Fundación Empresa y Ciencia, UAB, 2002. (Finalizado)  

• 2001-2002: Proyecto del Centro de Innovación y Desarrollo Empresarial (CIDEM) para la creación de una empresa de base tecnológica / CIDEM project for the development of a technological based company. Investigador Principal (IP): A. Barbadilla. 2001-02. (Finalizado) 

Difusión de la ciencia / Communicating Science

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• Genética y Genómica: una invitación a la genética. Proyecto de acciones especiales de difusión de la Ciencia y la Tecnología. Ministerio Ciencia y Tecnología. / Special action project for public communication of science. Investigadores: A. Barbadilla (Investigador Principal); C. Santa. AE00-0128-DIF. 2001-02. (Finalizado)

• Una invitación a la bioinformática. Any de la Computació. UAB 2008. IP: Antonio Barbadilla. (Finalizado).

• Adapnation: melanogaster catch the fly. Sònia Casillas (IP), Roberto Torres, Josefa González, Antonio Barbadilla. 2019-2020. Fundación española para la ciencia y la tecnología. FCT-19-14835.

Docentes / Teaching

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• 2019-20212 Adapta't. Projecto de mejora de la calidad docente subvencionado por el vicerectorado de Programación Académica y de Calidad de la UAB. Profesores: Sònia Casillas (IP), Gemma Armengol, Antonio Barbadilla, Aina Colomer, Marta Coronado, Raquel Egea, Pilar García, Ruth Gómez, Jesús Murga, Alicia Roque. 

• 2011-2012: Coordinador Propuesta e implantación Máster estratégico de bioinformática de la UAB. Acción estratégica del proyecto UAB - Campus de Excelencia. (2011-2012)

• 2007-2009: Coordinador Propuesta e implantación Grado Genética de la UAB. Facultat de Biociències. (2007-2009)

• 2002-2019: Diseño e implementación una plataforma Web 2.0 para la docencia universitaria (actualización anual). Servei de Genòmica i Bioinformàtica (2002-2019)

• 2007-2008: Aula permanent de genètica. Ajuts projectes d'innovació docent 2007. Vicerectorat d'Estudis i de Qualitat, UAB. 2007-2008. Antonio Barbadilla (IP), Miquel Ràmia, Maite Barrón, Santiago Pastor, Ricard Marcos, Amadeu Creus, Antonia Velázquez. (Finalizado)

• 2004-2006: Implementación de herramientas multimedia en toda una Titulación: el caso de Biología en la UAB / Implementing multimedia tools in the College: the case of Biology at the UAB. (Conjuntamente con la comisión de docencia de Biología: Javier Retana, Amalia Molinero, Marina Luquín, Miquel Ninyerola y Elena Ibáñez). Proyectos de mejora de la calidad docente AGAUR 2004MQD 00068. 2004-06. (Finalizado)